Приоритетным направлением деятельности органов прокуратуры является соблюдение конституционных прав и свобод человека в уголовном процессе, качественное и своевременное рассмотрение обращений участников уголовного судопроизводства, защита прав и законных интересов лицпотерпевших от преступлений и необоснованного применения мер уголовно-правового воздействия.

Органами прокуратуры осуществляется действенный надзор за оперативно-розыскной деятельностью и следствием правоохранительных органов. При этом, на постоянном контроле находится расследование уголовных дел, относящихся к категории тяжких и особо тяжких преступлений. На систематической основе проводится анализ состояния преступности, усиления ведомственного взаимодействия по предупреждению и расследованию преступлений.

Особое внимание уделяется уголовным делам, связанных с возвратом в страну незаконно выведенных активов, возмещением причиненного ущерба, защите прав субъектов предпринимательской деятельности и др.

В связи с внесением изменений и дополнений в ряд нормативно-правовых актов Кыргызской Республики, а также во исполнение поручения руководства Генеральной прокуратуры на местах регулярно проводятся межведомственные оперативные совещания по вопросам правоприменительной практики с обсуждением вопросов текущего состояния преступности, выявления и предотвращения фактов нарушения законодательства, обеспечения законности и правопорядка.